به سال 1333 در شهرستان مياندوآب دريك خانواده مذهبي و باايمان متولد شد . در دوران كودكي ، مادرش را از دست داد . تحصيلات ابتدايي و متوسطه را در اروميه به پايان رسانيد و در دوره دبيرستان ( همزمان با شهادت برادرش علي باكري به دست دژخيمان ساواك ) وارد جريانات سياسي شد.


پس از اخذ ديپلم با وجود آنكه از شهادت برادرش بسيار متاثر و متالم بود ، به دانشگاه راه يافت ودر رشته مهندسي مكانيك مشغول تحصيل شد . از ابتداي ورود به دانشگاه تبريز يكي از افراد مبارز اين دانشگاه بود . او برادرش حميد را نيز به همراه خود به اين شهر آورد . شهيد باكري در طول فعاليتهاي سياسي خود از طرف ساواك تحت كنترل و مراقبت بود .
پس از مدتي حميد را براي برقراري ارتباط با ساير مبارزان ، به خارج از كشور فرستاد تادر ارسال سلاح گرم براي مبارزان داخل كشور فعال شود . شهيد مهدي باكري در دوره سربازي با تبعيت از اعلاميه حضرت امام خمييني (قدس سره ) از پادگان فرار و به صورت مخفيانه به فعاليتهاي خود ادامه داد .


بعد از پيروزي انقلاب اسلامي و به دنبال تشكيل سپاه پاسداران انقلاب اسلامي به عضويت اين نهاد در آمد و در سازماندهي و استحكام سپاه اروميه قنض فعالي را ايفا كرد . پس از آن بنا به ضرورت دادستان دادگاه انقلاب اروميه شد همزمان با خدمت در سپاه به مدت 9 ماه با عنوان شهردار اروميه نيز خدمت ارزندهاي را از خود به يادگار گذاشت .
ازدواج شهيد مهدي باكري مصادف با شروع جنگ تحميلي بود . مهريه همسرش اسلحه كلت او بود . دوروز بعد از عقد به جبهه رفت وپس از دو ماه به شهر برگشت وبنا به مصالح منطقه ، با مسئوليت جهادسازندگي استان ، خدمات ارزنده اي را براي مردم انجام داد .


شهيد باكري توانست در عمليات فتح المبين باعنوان معاون تيپ نجف اشرف در كسب پيروزيها موثر باشد .در همين عمليات در منطقه رقابيه از ناحيه چشم مجروح شد و به فاصله كمتر از يك ماه در عمليات بيت المقدس شركت كرد و در مرحله دوم عمليات بيت المقدس از ناحيه كمر زخمي شد و با وجود جراحتهايي كه داشت در مرحله سوم عمليات ، به قرارگاه فرماندهي رفت تا برادران بسيجي را از پشت بي سيم هدايت كند .
در عمليات رمضان با سمت فرماندهي تيپ عاشورا به نبرد بي امان در داخل خاك عراق پرداخت و اين بار نيز مجروح شد .در عمليات مسلم ابن عقيل با فرماندهي او بر لشگر عاشورا و ايثار رزمندگان سلحشور ، بخش عظيمي از خاك كشورمان آزاد شد .


شهيد باكري در عمليات والفجر يك ، دو ، سه و چهار با عنوان فرمانده لشكر عاشورا ، آمادگي و ايثار همه
در زماني كه برادرش حميد شهيد شد ايشان با وجود علاقه خاصي كه به برادرش داشت ، بدون ابراز اندوه با خانواده اش تماس گرفت و چنين گفت : « شهادت حميد يكي از الطاف الهي است كه شامل حال خانواده ما شده است . » تلاش فراوان در ميادين نبرد ، وي را از حضور در تشييع پيكر پاك برادر و همرزمش كه سالها در كننارش بود بازداشت .
بعد از شهادت برادرش حميد و برخي از يارانش ، روح در كالبد ناآرامش قرار نداشت و معلوم بود كه به زودي به جمع آنها خواهد پيوست . پانزده روز قبل از عمليات بدر به مشهد مقدس مشرف شد و با تضرع از آقاامام رضا خواسته بود كه خداوند شهادت را نصيبش كند . سپس حضرت امام (ره ) و آيت اله خامنه اي رسيد و با گريه و التماس خواست كه براي شهدتش دعاكنند.


اين فرمانده دلاور در عمليات بدر در تاريخ63.11.25 به به خاطر شرايط حساس عمليات ، طبق معمول به خطرناكترين صحنه هاي كارزار وارد شد و در حالي كه رزمندگان لشكر را در شرق دجله از نزديك هدايت مي كرد ، تلاش مي نمود تا مواضع تصرف شده را در مقابل پاتكهاي دشمن تثبيت نمايد ، كه در نبردي دليرانه ، بر اثر اصابت تير مستقيم مزدوران عراقي ، نداي حق را لبيك گفت و به لقاي معشوق شتافت .
هنگامي كه پيكر پاكش را از طريق آبهاي « هورالعظيم » انتقال مي دادند، قايق حامل پيكر وي ، مورد هدف آر پي جي دشمن قرار گرفت و قطره نا ب وجودش به دريا پيوست .